O Departamento Hidroviário (DH) foi criado em 22 de abril de 1966 para administrar o Sistema Hidroviário Paulista, constituído pela Hidrovia do Tietê, as Travessias Litorâneas e o Porto de São Sebastião, este último mediante delegação ao Estado pela União.
O Sistema de Travessias Litorâneas e o Porto de São Sebastião foram operados pelo DH dos anos 1960 até 1989, quando passaram a ser administrados pela DERSA.
Com a implantação das barragens das UHEs e das eclusas nos rios Tietê e Paraná, a Hidrovia passou a ser administrada pela Companhia Energética de São Paulo (Cesp). Em 17 de setembro de 1999, com a reorganização da Secretaria dos Transportes, o DH assumiu a administração da Hidrovia Tietê-Paraná, no trecho sob domínio do Estado, até então sob responsabilidade da Cesp.
A partir de 29 de agosto de 2007, o Porto de São Sebastião passou a ser administrado pela Companhia Docas de São Sebastião – CDSS. Em 20 de outubro de 2020, as Travessias Litorâneas voltaram para a alçada do DH.
Até 31 de dezembro de 2022, o DH estava vinculado à Secretaria de Logística e Transportes do Estado. Com a reorganização administrativa das secretarias estaduais e a junção da Secretaria de Infraestrutura e Meio Ambiente (Sima) e a Secretaria de Logística e Transportes – SLT, o DH passou a pertencer à estrutura da Subsecretaria de Logística e Transportes, da atual Secretaria de Meio Ambiente, Infraestrutura e Logística (Semil).
A partir de 1º de janeiro de 2023, o DH também assumiu o transporte por balsas de passageiros e veículos no reservatório da UHE Paraibuna, até então à cargo da Cesp.
Desde 1° de abril de 2024, Sistema de Travessias Litorâneas do Estado de São Paulo é administrado pela Coordenadoria de Travessias da Secretaria de Meio Ambiente, Infraestrutura e Logística.
