A Hidrovia Tietê-Paraná é o principal sistema de transporte hidroviário de carga do Estado. A Hidrovia integra um grande sistema de transporte multimodal, abrangendo os Estados de São Paulo, Paraná, Mato Grosso do Sul, Goiás e Minas Gerais, uma região de 76 milhões de hectares onde é gerada grande parte do produto interno bruto brasileiro, conectando áreas de produção aos portos marítimos, apresentando-se como alternativa de corredor de exportação e, no sentido do interior, servindo os principais centros do Mercosul.

A Hidrovia foi administrada pelo Departamento Hidroviário (DH), órgão vinculado à antiga Secretaria de Logística e Transportes, de 1999 a 2025. Com a reorganização administrativa do Governo do Estado, em 2023, o DH passou a integrar a Secretaria de Meio Ambiente, Infraestrutura e Logística (SEMIL), subordinado à Subsecretaria de Logística e Transportes. Em 2025, com a reestruturação organizacional da SEMIL, regulamentada pelo Decreto nº 69.376 de 26/02/2025, o DH foi incorporado à Subsecretaria. Atualmente, a operação da Hidrovia está sob responsabilidade da Coordenadoria Hidroviária.

A Hidrovia Tietê-Paraná compreende 2.400 km de vias navegáveis, sendo:

• 1.600 km nos Rios Paraná, Paranaíba e Grande, administrada pelo Ministério dos Transportes, através do DNIT – Departamento Nacional de Infraestrutura de Transportes.
• 800 km no Estado de São Paulo, nos trechos navegáveis dos rios Tietê, Piracicaba e São José dos Dourados, administrada pela SEMIL, através da Subsecretaria de Logística e Transportes